| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
|
Data corrente: |
19/10/2017 |
|
Data da última atualização: |
19/10/2017 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
JOAQUIM, L. B.; NASCIMENTO, G. B. do; MARCHESI, J. A. P.; SAVEGNAGO, R. P.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. |
|
Afiliação: |
LETÍCIA BORGES JOAQUIM, UNESP/Jaboticabal; GUILHERME BATISTA DO NASCIMENTO, UNESP/Jaboticabal; JORGE AUGUSTO PETROLI MARCHESI, USP; RODRIGO PELICIONI SAVEGNAGO, UNESP/Jaboticabal; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; DANÍSIO PRADO MUNARI, UNESP/Jaboticabal. |
|
Título: |
Estudo dos segmentos de homozigose em uma população de suínos. |
|
Ano de publicação: |
2017 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 1 CD-ROM. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Resumo: Marcadores do tipo SNP (Polimorfismo de nucleotídeo único) são úteis em estudos de estrutura da população e conservação genética, permitindo obter informações sobre a história de uma população e parentesco entre seus indivíduos. Para investigar o histórico de seleção de uma linhagem comercial materna de suínos, 300 fêmeas e 25 machos foram analisados utilizando um painel de SNPs de 60K para a detecção de segmentos de homozigose (ROH, do inglês Runs of Homozygosity) com alta frequência populacional. As regiões de ROH em mais de 30% dos animais foram investigadas para identificar possíveis regiões conservadas. Um grande número de ROHs longos (> 5Mb) foi encontrado podendo indicar recentes eventos de endogamia na população estudada. Nas regiões de homozigose com frequência maior que 30% foram identificados 240 genes, dos quais alguns estão descritos como envolvidos na expressão de características reprodutivas e de comportamento. Logo, o presente estudo reforça a eficácia na utilização de dados de ROH para o estudo do histórico de seleção em populações animais, e sugere que os ancestrais da população estudada possivelmente foram submetidos a seleção direta ou indireta para características reprodutivas e comportamentais. Abstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are useful to study population structure and conservation genetics, which allows assessing information about population history and the relationship among individuals. To investigate the population history, 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line were analyzed using genomic data to detect runs of homozygosity (ROH). The ROH regions present in more than 30% of the samples were investigated to identify possible conserved regions. A large number of long ROHs (> 5Mb) were found and might indicate recent inbreeding events in the studied population. In the homozygous regions with frequency greater than 30% 240 genes were identified, which some of them were described affecting behavioral and reproductive traits. Therefore, the study showed evidence that the ancestors of the studied population have undergone direct or indirect selectionfor behavior and reproduction traits. MenosResumo: Marcadores do tipo SNP (Polimorfismo de nucleotídeo único) são úteis em estudos de estrutura da população e conservação genética, permitindo obter informações sobre a história de uma população e parentesco entre seus indivíduos. Para investigar o histórico de seleção de uma linhagem comercial materna de suínos, 300 fêmeas e 25 machos foram analisados utilizando um painel de SNPs de 60K para a detecção de segmentos de homozigose (ROH, do inglês Runs of Homozygosity) com alta frequência populacional. As regiões de ROH em mais de 30% dos animais foram investigadas para identificar possíveis regiões conservadas. Um grande número de ROHs longos (> 5Mb) foi encontrado podendo indicar recentes eventos de endogamia na população estudada. Nas regiões de homozigose com frequência maior que 30% foram identificados 240 genes, dos quais alguns estão descritos como envolvidos na expressão de características reprodutivas e de comportamento. Logo, o presente estudo reforça a eficácia na utilização de dados de ROH para o estudo do histórico de seleção em populações animais, e sugere que os ancestrais da população estudada possivelmente foram submetidos a seleção direta ou indireta para características reprodutivas e comportamentais. Abstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are useful to study population structure and conservation genetics, which allows assessing information about population history and the relationship among individuals. To investigate the population hi... Mostrar Tudo |
|
Thesagro: |
Linhagem; Melhoramento genético animal; Polimorfismo; Reprodução animal; Suíno. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/165273/1/final8631.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03025nam a2200241 a 4500
001 2077688
005 2017-10-19
008 2017 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aJOAQUIM, L. B.
245 $aEstudo dos segmentos de homozigose em uma população de suínos.$h[electronic resource]
260 $aIn: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 1 CD-ROM.$c2017
520 $aResumo: Marcadores do tipo SNP (Polimorfismo de nucleotídeo único) são úteis em estudos de estrutura da população e conservação genética, permitindo obter informações sobre a história de uma população e parentesco entre seus indivíduos. Para investigar o histórico de seleção de uma linhagem comercial materna de suínos, 300 fêmeas e 25 machos foram analisados utilizando um painel de SNPs de 60K para a detecção de segmentos de homozigose (ROH, do inglês Runs of Homozygosity) com alta frequência populacional. As regiões de ROH em mais de 30% dos animais foram investigadas para identificar possíveis regiões conservadas. Um grande número de ROHs longos (> 5Mb) foi encontrado podendo indicar recentes eventos de endogamia na população estudada. Nas regiões de homozigose com frequência maior que 30% foram identificados 240 genes, dos quais alguns estão descritos como envolvidos na expressão de características reprodutivas e de comportamento. Logo, o presente estudo reforça a eficácia na utilização de dados de ROH para o estudo do histórico de seleção em populações animais, e sugere que os ancestrais da população estudada possivelmente foram submetidos a seleção direta ou indireta para características reprodutivas e comportamentais. Abstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are useful to study population structure and conservation genetics, which allows assessing information about population history and the relationship among individuals. To investigate the population history, 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line were analyzed using genomic data to detect runs of homozygosity (ROH). The ROH regions present in more than 30% of the samples were investigated to identify possible conserved regions. A large number of long ROHs (> 5Mb) were found and might indicate recent inbreeding events in the studied population. In the homozygous regions with frequency greater than 30% 240 genes were identified, which some of them were described affecting behavioral and reproductive traits. Therefore, the study showed evidence that the ancestors of the studied population have undergone direct or indirect selectionfor behavior and reproduction traits.
650 $aLinhagem
650 $aMelhoramento genético animal
650 $aPolimorfismo
650 $aReprodução animal
650 $aSuíno
700 1 $aNASCIMENTO, G. B. do
700 1 $aMARCHESI, J. A. P.
700 1 $aSAVEGNAGO, R. P.
700 1 $aCANTAO, M. E.
700 1 $aLEDUR, M. C.
700 1 $aMUNARI, D. P.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
|
Data corrente: |
11/06/2015 |
|
Data da última atualização: |
11/06/2015 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Circulação/Nível: |
A - 1 |
|
Autoria: |
GASPER, A. L. de; UHLMANN, A.; VIBRANS, A. C.; SEVEGNANI, L. |
|
Afiliação: |
André Luís de Gasper, Universidade Regional de Blumenau; ALEXANDRE UHLMANN, CNPF; Alexander Christian Vibrans, Universidade Regional de Blumenau; Lucia Sevegnani, Universidade Regional de Blumenau. |
|
Título: |
Variação da estrutura da Floresta Estacional Decidual no Estado de Santa Catarina e sua relação com a altitude e clima. |
|
Ano de publicação: |
2015 |
|
Fonte/Imprenta: |
Ciência Florestal, Santa Maria, v. 25, n. 1, p. 77-89, jan./mar. 2015. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi identificar as possíveis similaridades estruturais entre remanescentes da Floresta Estacional Decidual (FED) em Santa Catarina e associar os grupos à influência de condicionantes ambientais. Associado a este objetivo primário, também se buscou a identificação das zonas de contato entre esta tipologia florestal e a Floresta Ombrófila Mista (FOM). Foram analisados os dados de 78 unidades amostrais (UA) instaladas em remanescentes da FED entre 2008 e 2009 pelo Inventário Florístico Florestal de Santa Catarina (IFFSC). Os dados foram tratados através da Análise de Correspondência Corrigida (DCA) e da Análise de Correspondência Canônica (ACC), valendo-se de uma matriz de densidade de espécies e uma matriz de variáveis ambientais, esta constituída por altitude e parâmetros climáticos. A proporção da variância explicada pelos três primeiros eixos da DCA foi baixa, somando aproximadamente 21% do total de informação contida no conjunto original de dados. Este resultado ofereceu baixo poder de interpretação para os resultados. No entanto, quando a DCA foi aplicada sobre os dados de densidade média das espécies em cada bacia hidrográfica, os resultados apontaram para autovetores muito explicativos do conjunto (58,1% da variação). Observada somente a ordenação provocada pelo primeiro eixo da DCA, vêse a disposição das bacias de leste, em um extremo, e das bacias de oeste, no outro extremo deste eixo. Na extremidade direita do primeiro eixo estão dispostas as bacias do rio Canoas, Pelotas e do Peixe, as quais são caracterizadas pela presença de espécies como Ocotea pulchella, Zanthoxylum fagara, Lithrea brasiliensis, Matayba elaeagnoides, Cinnamodendron dinisii, comumente associadas com a Floresta Ombrófila Mista. Na extremidade esquerda estão distribuídas as bacias de oeste, grupo que inclui as bacias dos rios Jacutinga, Irani, Chapecó, Antas e Peperi-Guaçu. Dentre as espécies que mais fortemente influenciaram os resultados na análise, cabe destacar Apuleia leiocarpa, Rauvolfia sellowii, Bastardiopsis densiflora, Chrysophyllum gonocarpum, Cordia trichotoma, Holocalyx balansae, Myrocarpus frondosus e Pisonia zapallo, as quais são frequentes em florestas estacionais do interior meridional do Brasil. A análise através da ACC apontou para resultados similares e a interpretação conjunta dos dados ambientais indicou que as UA situadas nas bacias de leste estão associadas a climas mais frios, em que as geadas são mais frequentes, como consequência de altitudes mais elevadas. Considerando que as altitudes tendem a declinar das porções lestes para oeste e, diante do resultados apresentados, os autores propõem a existência de uma zona de transição entre as duas regiões fitoecológicas (FOM e FED) na faixa dos 600 m s.n.m., onde ocorre a interdigitação de elementos da flora estacional e aqueles da Floresta Ombrófila Mista, resultando na delimitação de uma área core da FED abaixo deste patamar altimétrico. MenosO objetivo deste trabalho foi identificar as possíveis similaridades estruturais entre remanescentes da Floresta Estacional Decidual (FED) em Santa Catarina e associar os grupos à influência de condicionantes ambientais. Associado a este objetivo primário, também se buscou a identificação das zonas de contato entre esta tipologia florestal e a Floresta Ombrófila Mista (FOM). Foram analisados os dados de 78 unidades amostrais (UA) instaladas em remanescentes da FED entre 2008 e 2009 pelo Inventário Florístico Florestal de Santa Catarina (IFFSC). Os dados foram tratados através da Análise de Correspondência Corrigida (DCA) e da Análise de Correspondência Canônica (ACC), valendo-se de uma matriz de densidade de espécies e uma matriz de variáveis ambientais, esta constituída por altitude e parâmetros climáticos. A proporção da variância explicada pelos três primeiros eixos da DCA foi baixa, somando aproximadamente 21% do total de informação contida no conjunto original de dados. Este resultado ofereceu baixo poder de interpretação para os resultados. No entanto, quando a DCA foi aplicada sobre os dados de densidade média das espécies em cada bacia hidrográfica, os resultados apontaram para autovetores muito explicativos do conjunto (58,1% da variação). Observada somente a ordenação provocada pelo primeiro eixo da DCA, vêse a disposição das bacias de leste, em um extremo, e das bacias de oeste, no outro extremo deste eixo. Na extremidade direita do primeiro eixo estão dispostas a... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Análise multivariada; Atlantic forest; Ecótonos florestais; Floresta Estacional Decidual; Forest ecotones; Mata atlântica; Santa Catarina. |
|
Thesaurus NAL: |
multivariate analysis. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/125242/1/2015-API-Alexandre-VariacaoEstrutura.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03832naa a2200253 a 4500
001 2017453
005 2015-06-11
008 2015 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aGASPER, A. L. de
245 $aVariação da estrutura da Floresta Estacional Decidual no Estado de Santa Catarina e sua relação com a altitude e clima.
260 $c2015
520 $aO objetivo deste trabalho foi identificar as possíveis similaridades estruturais entre remanescentes da Floresta Estacional Decidual (FED) em Santa Catarina e associar os grupos à influência de condicionantes ambientais. Associado a este objetivo primário, também se buscou a identificação das zonas de contato entre esta tipologia florestal e a Floresta Ombrófila Mista (FOM). Foram analisados os dados de 78 unidades amostrais (UA) instaladas em remanescentes da FED entre 2008 e 2009 pelo Inventário Florístico Florestal de Santa Catarina (IFFSC). Os dados foram tratados através da Análise de Correspondência Corrigida (DCA) e da Análise de Correspondência Canônica (ACC), valendo-se de uma matriz de densidade de espécies e uma matriz de variáveis ambientais, esta constituída por altitude e parâmetros climáticos. A proporção da variância explicada pelos três primeiros eixos da DCA foi baixa, somando aproximadamente 21% do total de informação contida no conjunto original de dados. Este resultado ofereceu baixo poder de interpretação para os resultados. No entanto, quando a DCA foi aplicada sobre os dados de densidade média das espécies em cada bacia hidrográfica, os resultados apontaram para autovetores muito explicativos do conjunto (58,1% da variação). Observada somente a ordenação provocada pelo primeiro eixo da DCA, vêse a disposição das bacias de leste, em um extremo, e das bacias de oeste, no outro extremo deste eixo. Na extremidade direita do primeiro eixo estão dispostas as bacias do rio Canoas, Pelotas e do Peixe, as quais são caracterizadas pela presença de espécies como Ocotea pulchella, Zanthoxylum fagara, Lithrea brasiliensis, Matayba elaeagnoides, Cinnamodendron dinisii, comumente associadas com a Floresta Ombrófila Mista. Na extremidade esquerda estão distribuídas as bacias de oeste, grupo que inclui as bacias dos rios Jacutinga, Irani, Chapecó, Antas e Peperi-Guaçu. Dentre as espécies que mais fortemente influenciaram os resultados na análise, cabe destacar Apuleia leiocarpa, Rauvolfia sellowii, Bastardiopsis densiflora, Chrysophyllum gonocarpum, Cordia trichotoma, Holocalyx balansae, Myrocarpus frondosus e Pisonia zapallo, as quais são frequentes em florestas estacionais do interior meridional do Brasil. A análise através da ACC apontou para resultados similares e a interpretação conjunta dos dados ambientais indicou que as UA situadas nas bacias de leste estão associadas a climas mais frios, em que as geadas são mais frequentes, como consequência de altitudes mais elevadas. Considerando que as altitudes tendem a declinar das porções lestes para oeste e, diante do resultados apresentados, os autores propõem a existência de uma zona de transição entre as duas regiões fitoecológicas (FOM e FED) na faixa dos 600 m s.n.m., onde ocorre a interdigitação de elementos da flora estacional e aqueles da Floresta Ombrófila Mista, resultando na delimitação de uma área core da FED abaixo deste patamar altimétrico.
650 $amultivariate analysis
653 $aAnálise multivariada
653 $aAtlantic forest
653 $aEcótonos florestais
653 $aFloresta Estacional Decidual
653 $aForest ecotones
653 $aMata atlântica
653 $aSanta Catarina
700 1 $aUHLMANN, A.
700 1 $aVIBRANS, A. C.
700 1 $aSEVEGNANI, L.
773 $tCiência Florestal, Santa Maria$gv. 25, n. 1, p. 77-89, jan./mar. 2015.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
